现代医学认为，肛裂的形成主要是由于肛门皮肤及血管机械刺激和炎症改变引起的。
①解剖：肛门外括约肌由尾骨向前到肛管后方，分为二部分，沿肛管两侧向前围绕肛管，到肛管前方此二部连合，在肛管前方和后方留有间隙，肛提肌的大部分附着肛管两侧，前部和后部较少，肛管后部和前部不如两侧坚固，容易损伤，肛管向下向后成肛管直肠角，肛管后部受粪便压力较大。肛管后正中线血供给缺乏，弹性较小，均是造成肛裂的原因。
②损伤：粪便干结可使肛门皮肤撕裂，腹泻时排粪频繁使肛管敏感紧缩，正常稠度粪便也可致损伤，肛管慢性炎症，纤维组织增生，形成肛门梳硬结，妨碍括约肌松弛，使肛管容易受损伤破裂。直肠异物、扩肛方法不当、肛门手术、分娩、先天性肛门狭窄、直肠结肠炎、结核等也可导致肛裂。
③感染：急性和慢性肛窦炎、肛乳头炎、内痔和息肉等是引起感染的主要原因。感染的致病菌经腺口进入肛腺，在肛管皮下组织内生成脓肿，破溃后形成溃疡。小型浅部血栓因感染发生血栓静脉炎，也可致肛裂发生。
④慢性肛裂的病因：尚不明确。一般认为其与以下几方面有关。其一，肛裂多在肛管后管括约肌下缘成梭形，只有少量边缘与内括约肌下部重叠，肛管上皮反复遭受排粪损伤，使肛裂不愈。其二，因疼痛而引起的反射性肌肉疼痛痉挛，使供血局部不足，肛裂延迟愈合，成为慢性肛裂。其三，肛管深处有胚胎残余的上皮组织，肛管皮肤破裂，使粘膜下层内的上皮细胞暴露于裂口的底部，由于裂口上有上皮碎片的异物刺激，反复感染，易形成慢性肛裂。
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