急性菌痢与沙门氏菌肠炎临床上极易混淆，两者高峰季节均在7-9月，临床上均有发热、腹泻、呕吐。但典型的菌痢与典型的沙门氏菌肠炎还有各有特点，两者在抗生素的使用上不尽相同，故必须对两者鉴别，及时处理。主要鉴别点见表4。
表4 急性菌痢与沙门氏菌肠炎的鉴别
鉴别项目急性菌痢沙门氏茵肠炎
不洁食物 年龄 首发症状 腹痛 便次(次/日) 大便量 大便性状 里急后重 大便镜检(白细胞/高) 大便培养蔬菜、水果 1岁以内少见 先泻后吐，呕吐不常见 左下腹 ＞10 少 脓血粘液 明显 满视野 志贺氏菌牛奶、蛋类、家禽、内脏 1岁以内多见 先吐后泻，常有呕吐 脐周 3—10 多 水样带粘液 不显 ＜20 沙门氏菌
细菌性痢疾