每天服用2次甲氧苄氨嘧啶（trimethoprim）和磺胺甲基异恶唑（sulfamethoxazole ），或者代之以卷须霉素（ciprofloxacin ）就可有效治疗HIV相关性腹泻。
报道少至每天2次的甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药或者代之以卷须霉素就可有效治疗HIV相关性腹泻。
研究人员认为虽然甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药可有效治疗等孢球菌或环孢球菌引起的慢性腹泻，但是，对于HIV感染患者，每天用药4次通常会引发副作用。
纽约市Cornell 大学医学院的Johnson Jr.博士及同事随机让42名因等孢球菌或环孢球菌引起慢性腹泻的HIV阳性患者接受每天2次的甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药(160 mg or 800 mg)或者卷须霉素(500 mg)治疗，疗程为7天。甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药组的患者平均在治疗3天内腹泻停止，卷须霉素治疗组腹泻停止需4天，治疗7天时，甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药组粪便转阴率为95%，卷须霉素组为70%，没有病人因为副作用而终止治疗。
研究人员认为每天2次的甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑联合用药可有效治疗HIV相关性腹泻，虽然卷须霉素的疗效不及前者，但对于那些无法耐受甲氧苄氨嘧啶与磺胺甲基异恶唑的患者，这样的疗效也是可以接受的。
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