慢性菌痢被认为是菌痢中最难治疗者，实际上是对慢性腹泻的诊断不清，因而治疗没有方向，效果当然不好。将其它腹泻按慢性菌痢治疗是无效的。同时，慢性菌痢又可分为几种类型，不同型的治疗重点也不一样，所以弄清楚慢性菌痢的诊断标准与分型是十分重要的。慢性菌痢可分为3型：
(1)迁延型：急性菌痢，病程迁延2月以上，症状、大便镜检及大便培养均不正常者。
(2)急性发作型：半年内有菌痢病史，本次急性发作。能排除再感染的可能者。痢疾杆菌各型间无交叉免疫，病后免疫力较弱，所以比较容易再感染，故诊断慢性菌痢，需排除再感染。
(3)隐匿型：患急性菌痢后，症状消失，大便镜检正常，但大便培养仍阳性或乙状结肠镜检查，肠粘膜可见溃疡、出血。
临床实际中，常见将肠功能紊乱患者误诊为慢性菌痢，长期滥用抗生素治疗，既增加患者痛苦，又增加不必要的经济负担。