急性期严重腹泻，可引起失水、酸中毒、电解质紊乱；老年人诱发心肌梗塞，孕妇可导致流产。此外，急性菌痢与中毒型菌痢可分别发生一些并发症。急性菌痢可并发：
(1)急腹症：如肠穿孔、肠套叠、阑尾炎。
(2)关节炎：比较常见。与变态反应有关。男性青年多见，发生于菌痢后2周左右，以大关节为主，关节红、肿、痛，可有发热，还可伴有结膜炎、尿道炎，称之为赖特氏综合征。关节x片检查无明显改变，血沉快，抗“O”正常，血白细胞不高。消炎痛治疗有效，但可反复发作，严重者可致肌肉萎缩，行走困难。；大多数预后好，数月内可自愈。
(3)痢疾杆菌败血症：主要见于营养不良、免疫缺陷、3月龄以下婴儿。主要治疗是给予有效抗痢药，如氟哌酸、头孢氨噻肟。
(4)痢疾性肝炎：表现为一过性转氨酶升高，短期内可自愈。
(5)中毒性心肌炎：患者自觉心慌、气促。心率快，心律不齐，有心电图改变。本症少见。
中毒型菌痢尚可并发：
(1)弥漫性血管内凝血：极少见。
(2)急性呼吸窘迫综合征：常发生于脑型或休克型之后，大多在病程的18—24小时，来势凶猛，死亡率高，主要表现为急性进行性吸气性呼吸障碍。
(3)急性溶血性尿毒症综合征：急性菌痢与中毒型菌痢均可并发本证。患者畏寒.高热，尿呈深棕色(酱油色)，化验为血红蛋白尿。尿少，肌酐、尿素氮升高。本征死亡率高。
(4)类白血病反应：急性菌痢与中毒型菌痢均可并发本病，白细胞升至50×l09/升(50000/立方毫米)以上，死亡率高。
(5)心功能不全：心电图及x线检查见心脏增大，肺部淤血，T波低平、倒置等，可诱发心衰、心肌梗塞。
菌痢还可并发直肠脱垂、腮腺炎、角膜溃疡、中耳炎、骨髓炎、格林一巴利氏综合征、女婴阴道炎、急性膀肮炎、肺炎及胸腔积液等少见并发症。
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