至于慢性乙型肝炎，应该说大部分病人的病情也是可以基本痊愈或基本稳定的。但所需的时间相对较长，经过适当的休息、合理的营养及恰当的药物治疗，也常可使e抗原(HBsAg)与乙肝病毒去氧核糖核酸(HBV-DNA)转阴，血清转氨酶正常，病情稳定；但稍不注意，常能复发。
因此，必须坚持长期的治疗，使病情长期相对稳定，以获得基本痊愈。但HBsAg的阴转相当困难，因为直至目前为止尚缺乏有效的治疗方法和药物。
近年来，一些病人经治疗后，自然阴转率也很难超过10%。轻度授性肝炎的预后多较好，一般迁延时间可长达一二十年而不发生肝硬化，最后仍获痊愈，但少部分病人也有可能转为慢性肝炎炎症持续活动。
慢性肝炎炎症活动中约10%一20%病人可发展为肝硬变，部分病人病情继续恶化。此时，应警锡原发性肝细胞癌的发生，定期检查甲胎球蛋白、转肽酶、B型超声波等以协助确诊。
乙型肝炎患者治愈后，少数人还常有食欲不振、厌油、恶心、腹胀、疲倦乏力、失眠及情绪不稳等症状中的1-3项。有些患者的这些症状甚至比发病时更明显，但复查时肝功已恢复正常，体征也无异常发现。这些症状大多是由于精神因素引起的胃肠功能紊乱，并同时引起暂时性的肝郁血或缺血而发生的。一般休息数日后多能自行逐渐缓解或消失。但血液中仍有HBsAg持续阳性，成为HBsAg携带者。少数人可发展为慢性肝炎，但这些都不是肝炎后遗症；只有当肝炎发展到肝炎脾硬变、坏死后肝硬变时，才叫做肝炎后遗症。
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